Научный профиль заповедника – изучение природного горно-таежного комплекса Хамар-Дабана и побережий озеро Байкал. С 1986 года заповедник входит во Всемирную сеть биосферных резерватов, с 1996 года – в состав участка Всемирного природного наследия «Озеро Байкал». Также он включен в число объектов Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО.

Еще в начале 1950-х годов группой ученых, занимавшихся изучением природы Прибайкалья, была высказана идея создания заповедника на южном побережье Байкала, для охраны природы этой уникальной территории. Заповедник изначально был задуман как комплексный – он создавался для сохранения и изучения природных комплексов Южного Прибайкалья, экосистем Хамар-Дабана, и как одно из намеченных правительственных мероприятий по охране Байкала.

Основными задачами заповедника «Байкальский» были и остаются – сохранение в естественном состоянии уникального природного комплекса и объектов Южного Прибайкалья и изучение динамики естественных природных процессов, протекающих в условиях, исключающих какое-либо непосредственное вмешательство человека. Кроме того, здесь ведутся научные исследования и экологический мониторинг, проводятся мероприятия широкой природоохранной пропаганды, экологического просвещения населения и содействия в подготовке кадров природоохранного и научного профиля. Также в настоящее время заповедник служит эталонной территорией для оценки воздействия аэропромвыбросов промышленности Южной Сибири на лесные экосистемы.

Заповедная территория занимает центральный участок горного хребта Хамар-Дабан, вдоль южного побережья озера Байкал. Исходная площадь заповедника – 169 269 га – была несколько сокращена в 1973 году из-за постоянных претензий местных жителей, лишившихся участков для выпаса скота, сенокосов и пр. Сегодня площадь заповедника составляет 165 724 га, из них лесопокрытая – примерно 117 га и водоемы – 1552 га; остальную территорию занимают в основном гольцы (безлесные высокогорья).

От Байкала заповедник отрезан линией Транссибирской железной дороги и автострадой. Хребет Хамар-Дабан, который является одним из основных на этой территории, имеет высоту до 2300 метров над уровнем моря. В заповеднике преобладают ландшафты восточно-сибирской тайги и монгольских степей. Здесь много озер и горных рек с чистейшей водой.

Флора заповедника насчитывает 845 видов высших растений, более 50 из которых занесено в Красную книгу Бурятии, 12 – в Красную книгу России. Гордость растительного царства Байкальского заповедника – голубая ель. Но, к сожалению, это удивительное и редкое растение уже находится под угрозой вымирания. Численность ее непрерывно сокращается.

Животный мир заповедника горно-таежный. Территория заповедника служит резерватом и очагом расселения соболя. Здесь можно встретить также рысь, росомаху, выдру, оленей, изюбря, косулей, лосей… Но, конечно же, «король» Байкальского заповедника – медведь – хозяин здешних мест.

При заповеднике имеется Музей Природы, а по территории заповедника проходит несколько туристских маршрутов, позволяющих всем желающим насладиться красотой этого уникального места.